Jueces y fiscales de la Audiencia Nacional cuestionan que estos casos queden archivados al considerar que priman la investigación de los crímenes de guerra, genocidio y de lesa humanidad del derecho internacional sobre una legislación nacional.
El Pleno resolverá todos los recursos que se planteen sobre el cierre de las causas relacionadas con la justicia universal. Así, adoptará un acuerdo jurisdiccional, a medida que vayan llegando allí los recursos, por lo que es vinculante para que juzgado que conozca la causa.
También es muy posible que resuelva sobre la conveniencia o no de interponer cuestiones de constitucionalidad, dado que la Fiscalía ya ha planteado en el caso del genocidio del Tibet que el caso sea abocado al Pleno de la Sala de lo Penal.
La Fiscalía defiende la presentación de cuestiones de constitucionalidad.
El primero de ellos puede ser, precisamente, el del Tibet. Otro caso inminente sería el del asesinato del periodista José Couso en Irak, cuyo juez instructor, Santiago Pedraz, considera que prima el derecho internacional sobre la reforma de la Ley Orgánica del Poder Judicial que anula la justicia universal en España.
Pedraz interpreta que prima la IV Convención de Ginebra, sobre la protección de los civiles en conflictos armados prima sobre la legislación española. En el caso de Couso, el cámara falleció por el disparo de un obús sobre el hotel desde el que estaba grabando y que alojaba a los periodistas y otros civiles que cubrían la invasión de Irak.
En la Audiencia Nacional hay planteados entre doce y quince casos de justicia universal. La reforma de 2009 ya limitó su aplicación a los ciudadanos españoles. En cambio, la reforma realizada a uña de caballo en el Parlamento, la suprime.