Hotaka Morishima es un estudiante de secundaria que se muda a Tokio para dejar atrás su vida en una isla aislada del mundo. Allí conocerá a Akina Amano, una chica con el misterioso poder de manipular y controlar el clima a su antojo.
Ha pasado un mes desde que un cometa que visita la Tierra cada mil años se avistara desde Japón. Mitsuha es una estudiante que se lamenta de su vida en el campo junto a su hermana pequeña, su abuela y su padre, un político al que nunca ve...
