El Colegio Mayor de Médicos de Toledo ha recurrido el texto en el Tribunal Superior de Castilla-La Mancha y a la Defensora del Pueblo. Tres puntos crean la controversia: aborto, eutanasia y fármacos.
Dieciséis borradores y dos enmiendas durante los dos años y medio que ha tardado en salir a la luz no ha sido suficiente para evitar la polémica. El nuevo Código Ético ha sido aprobado y no ha gustado a todos. En España hay 225.000 profesionales de la medicina actualmente. De ellos, el sector más conservador, junto con la plataforma antiabortista Derecho a Vivir, han recurrido ante el Tribunal de Toledo el nuevo Código alegando que suprime el derecho a objetar por conciencia del médico, ya que según el manuscrito, deberá informar a la madre de cualquier complicación o novedad del feto durante el embarazo, dando a esta la opción de interrumpirlo sin dar explicaciones en las primeras catorce semanas.
El presidente de la Organización Médica Colegial (OMC) no comprende a qué se debe el aluvión de críticas, pues según sus declaraciones a El País, "El código defiende libertad de conciencia del médico. Por encima del individuo. El profesional nunca se puede negar a informar a su paciente. Este necesita saber todo lo que le concierne para poder tomar decisiones; es lo básico para ser autónomo". Sin embargo dictamina que el Código no es una ley inquebrantable, si no una referencia sobre qué está bien y qué no lo está.
A su vez, en el nuevo Código se recoge una pauta a seguir con los cuidados paliativos, en la que se contempla que, aunque hay que ayudar al paciente siempre que sea posible, en el momento en el que se dictamina un estado de agonía hay que procurar su bienestar, aún si esto implica acortar su vida. Algo que no ha causado tampoco furor entre los grupos más conservadores.
Por último, la guinda del pastel la ponen los fármacos: en el nuevo Código se dictamina que siempre hay que tratar de recetar el fármaco “más barato”, algo que no ha gustado demasiado a las farmacéuticas. Algunas organizaciones médicas se han opuesto a este punto enérgicamente y no lo reconocen, aunque en la mayoría de casos estas organizaciones reciben subvenciones de las propias farmacéuticas.